Als im Laufe des 19. Jahrhunderts die ökonomische und soziale Not durch die zunehmende Industrialisierung einen Höhepunkt erreichte, schuf der damalige „Verein Katholischer Frauen“ das Kinderheim für Waisen und verlassene Kinder. Diesen Kindern in schwierigen Zeiten und Lebenslagen beizustehen und einen angemessenen Platz im Leben zu verschaffen, war das oberste Anliegen der Einrichtung für öffentliche Kinder- und Jugendhilfe.

Als „Katholisches Erziehungshaus an der Mirke“ gegründet und benannt nach seinem Gründer Kaplan Michael Heyden, beherbergte das „Kinderheim St. Michael“ in seinem 1885 fertig gestellten Stammhaus in der Uellendahler Straße 275 zeitweilig bis zu 150 Kinder. Von Beginn an wurde das Kinderheim St. Michael von Schwestern geführt. Von 1885 bis 1958 hatte die Ordensgemeinschaft der Nonnenwerther Franziskanerinnen die Leitung. Als sich diese Ordensgemeinschaft zurückzog, übernahmen die Caritasschwestern aus der Erzdiözese Köln die Betreuung der Kinder. Aufgrund andauernden Personalmangels musste eine neue Ordensgemeinschaft gefunden werden.

Die spanische Ordensgemeinschaft von der Liebe Gottes für die Leitung und Betreuung des Kinderhauses konnte in diesem Jahr gewonnen werden. Schwester Magdalena von den Schwestern der Liebe Gottes war von 1969 bis 2002 Heimleiterin. Mit ihrem Weggang ging auch die Ära der Ordensgemeinschaften im Kinderhaus St. Michael zu Ende.

Die Weiterentwicklung der Heimerziehung wurde auch durch die Eröffnung von Tagesgruppen vorangetrieben. Seit 1995 betreibt die Einrichtung auch teilstationäre Maßnahmen.

Noch vor der Jahrtausendwende wurde die Erziehung und Betreuung der Kinder und ­Jugend­lichen vom zentralen Sitz in der Uellendahler Straße 275 in verschiedene Stadtteile Wuppertals dezentralisiert. In diesem Zuge wurde das Stammhaus inklusive Liegenschaft größtenteils veräußert und der Erlös für den Kauf von geeigneten Wohnungen beziehungsweise Wohnhäusern verwendet.

Durch eine Kooperation mit dem Haus der offenen Tür von St. Bonifatius, Wuppertal – Varresbeck und dem Jugendamt entstand eine Soziale Gruppe für neun Kinder.

Eine weitere Wohngruppe wurde eröffnet mit der Besonderheit, dass dort auch zwei Kinder mit erhöhtem Förderbedarf betreut werden. Das Konzept der integrierten Intensivplätze wurde dann auf weitere Wohngruppen ausgeweitet.

Der Bereich Sozialpädagogische Lebensgemeinschaft ergänzte ebenso ab 2014 das Leistungs­angebot.

Für junge geflüchtete Frauen wurde 2016 eine pädagogisch betreute Wohngemeinschaft geschaffen.

Heute verfügt das Kinderhaus St. Michael über circa 70 Plätze in Tages- bzw. Wohngruppen in einzelnen Stadtteilen Wuppertals.